A mai templom helyén már az Árpád korban – az 1225-ben írott oklevelek szerint – virágzó apátság állt, amelynek védőszentje Szent Miklós püspök volt, aki az itt élő népeknek – a halászoknak, hajósoknak és a vízen járóknak – kedveit patrónusa volt. Ez az első templom a tatárjárás idején – 1241-42-ben – elpusztult.

A második templomot a hajdani apátság romjain a domonkos rendi szerzetesek építették, akik 1318-ban telepedtek le Felsővároson. Ők is Szent Miklósról nevezték el a szentegyházat, amely azután a 150 éves török uralom alatt teljesen megsemmisült.

A harmadik – mai – templomot az 1739-ben ide települt ferencesek, a minoriták építették fel. 1747-ben az új kolostort, majd 1754-től 1767-ig a templomot. Az új templomban ismét csak a Szent Miklós kultuszt akarták ápolni, így a védőszent ismét ő lett. Az építkezés körülményeiről keveset tudunk: a tervek Lechner Venceltől származnak, a kivitelezést Dobi János szegedi építőmester végezte. Az arányaihoz képest szinte gótikusán felnyúló templom már a későbarokk lehiggadt szerkezeti formáit, világosságát fejezi ki.

A templom berendezési tárgyaiból legértékesebbek a kézi faragású műemlék padok és más díszes faragványok, amelyeket a minorita szerzetesek készítettek. (Az egri minorita templomban szintén ugyanilyen kézzel faragott padokat találunk.) Igen értékesek a sekrestye szekrény és a főkapu figurális domborművei, amelyek Szent Miklóst, Assisi Szent Ferencet, Szent Kiliánt és Szent Bonaventúrát ábrázolják. A főoltár 1806-ból való, klasszicista stílusú. A Szent Miklós ábrázoló hatalmas oltárkép ismeretlen szerzőtől való.

A mellékoltárok közül a templommal egykorú az Assisi Szent Ferenc, a Páduai Szent Antal, a Szent Kereszt és a fájdalmas Szűz oltára. Mind a négy mellékoltár egyszerű, de gyönyörködtető barokk stílusban készült. Mindegyik oltár fölött két olajfestmény látható, amelyeket szerzőik nem szignáltak, tehát kilétük ismeretlen. A kórus alatt lévő Kis Szent Teréz oltárt 1928-ban állították fel. Szemben vele a lourdesi Szűzanya oltára 1939-ből való, a szobor ruskicai márványból készült.

A nemes faragású szobrok 1905-ben készültek, Szent István és Szent György szobra a főoltárt díszíti, a Jézus Szíve és a Mária Szíve szobrok a hajó elején, a Szent József és a Szent Antal szobrok a közepén állnak.

A színes ablakok ugyancsak 1905-ben készültek, a szentélyben lévő ablak Vajk megkeresztelkedését, a hajóban lévők Jézust a jó pásztort, Szent Antalt és Szűz Máriát jelenítik meg.

Az orgona 1928-ban készült el a pécsi Angster orgonagyárban. Az eredeti két manuálos 28 regiszteres pneumatikus vezérlésű orgonát 1999-ben építették újjá, mechanikus csúszkaládás 34 regiszteres hangszerré.

A templom alatt kripta van, ahova 1840-től 1897-ig, a nagy árvízig temetkeztek. (39 személyről tudunk). Jelenleg nem használható.

A templomot 1928-ban külsőleg felújították. Ekkor épült a főbejárat elé az oszlopos timpanonos előrész, amely jobban kiemeli a templom bejáratát és védi a művészi kivitelezésű főkaput.

1939-ben a minoriták letelepedésének 200 éves jubileuma alkalmából felújították a templomot – víztelenítették a falakat és kifestették a templomot. A mennyezeten és a szentély oldalfalán lévő freskókat Bicskei Karle János készítette. Ekkor helyezték el a keresztút 14 állomását ábrázoló domborművet az oldalfalakra. A keresztelőkút 1806-ban készült rózsaszínű márványból, jelenleg a sekrestye előterében áll.

1967-ben a templom felszentelésének 200 éves évfordulójára újabb felújítás történt az OMF felügyeletével, Nemcsics Antal festőművész és Nagy István grafikus közreműködésével. Ekkor készült el a “Tiszaparti Krisztus” oltárkép és a mennyezet ókeresztény emblémái. A szembemiséző oltár és az ambó 1968-ban készült, dr. Ijjas József püspök úr szentelte fel.

Sok éves kihagyás után 1999-től ismét a minorita atyák gondozták a templomot ás látták el a felsővárosi hívek lelki gondozását egészen 2021 decemberéig.

2022-től a Kiss-Rigó László szeged-csanádi püspök megbízásából Kondé Lajos atya, a szegedi Belvárosi Római Katolikus Plébánia plébánosa látja el plébániánkat is. 2022 februárjától Elek László SJ jezsuita szerzetes kisegítőlelkészként szolgál nálunk.